Le Sénat a adopté le mercredi 2 juin des amendements visant à maintenir l’institution du Défenseur des Enfants distincte du nouveau Défenseur des Droits. Le Gouvernement, suite à la réunion d’une instance élyséenne, a demandé le lendemain à la majorité du Sénat de revenir sur son vote. Celle-ci l’a fait, à l’exception notable du sénateur UMP Hugues Portelli.
Jean-Pierre Sueur est intervenu à de nombreuses reprises, en séance et au sein de la Commission des Lois, pour dénoncer ce revirement effectué à la demande du pouvoir exécutif.
Il a notamment déclaré : « Le débat ne fait que commencer. Il se prolongera à l’Assemblée Nationale. Il est complètement injustifié de demander au Sénat de voter le jeudi exactement le contraire de ce qu’il a voté le mercredi. Nous nous rendons compte que la création du futur Défenseur des Droits, qui sera nommé en conseil des ministres, est en fait un procédé visant à remettre en cause l’autonomie de plusieurs autorités indépendantes ».
Jean-Pierre Sueur reprend à son compte les propos de son collègue Alain Anziani pour qui « le pouvoir exécutif ne supporte sans doute pas que la Halde ait dénoncé les tests ADN pour le regroupement familial, que la Défenseur des Enfants ait enquêté sur la présence des enfants en centre de rétention et que la Commission Nationale de Déontologie de la Sécurité ait mené des investigations sur les gardes à vue ».
Jean-Pierre Sueur considère que ce revirement témoigne d’une défiance à l’égard d’autorités réellement indépendantes. Il a tout particulièrement exprimé son attachement à ce que la Défenseure des Enfants garde le statut qui est le sien. 
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