Jean-Pierre Sueur est intervenu à plusieurs reprises au Sénat lors du débat sur le projet de loi sur le respect des principes de la République.  
Il a développé les trois principes fondateurs qui doivent être respectés : 1) la liberté d’exercice des cultes, dont la laïcité est garante, doit être respectée; 2) il n’appartient pas à l’État d’organiser les cultes; 3) il revient à l’Etat de faire strictement appliquer la loi, y compris dans la sphère des religions. 
Il a ajouté que le projet de loi avait le grand défaut de ne pas avoir d’effet concret sur l’objectif qu’il affirme atteindre. Cet objectif, c’est de lutter contre l’islamisme radical et le djihadisme violent. Or les nombreuses contraintes créées pour les associations ou par rapport à l’organisation des cultes ne permettront pas, en fait, d’atteindre cet objectif.
Jean-Pierre Sueur a dit qu’il pensait que cela passait bien davantage par l’engagement de l’école républicaine, par la transformation profonde des quartiers et zones urbaines ghettoïsés, par le respect de toutes les règles de la République, partout et tout le temps.